Das Museo de Navarra Cuesta Santo Domingo aus dem Jahre 1956 befindet sich auf 7.700m² in dem alten Hospital Nuestra Señora de la Misericordia, la Cuesta de Santo Domingo, von dem allerdings einzig das platereske Portal und der Innenraum der Kappelle erhalten ist.
Nach einer Restauration wurde es im Jahre 1990 neueröffnet und zählt seitdem zu den besten Museen der Region. Auf vier Ebenen und einem Kellergeschoss findet man die Schätze, die zwischen Altsteinzeit und Eisenzeit entdeckt wurden.
Der erste Stock präsentiert Funde aus der römischen, präromanischen, romanischen und musulmanischen Vergangenheit der Region. Navarras Gotik und Renaissance befinden sich auf der zweiten Ebene.
Für Gemäldeliebhaber ist das dritte Stockwerk zu empfehlen, wo sowohl spanische als auch ausländische Malerei des 17. und 18. Jahrhunderts ausgestellt ist.
Dabei wurden einzelne Bereiche Künstlern wie etwa Francisco de Goya gewidmet oder auch bestimmten Regionen, wie die Malerei aus dem Navarra des 19. Jahrhunderts. Neben diesen festen Bestandteilen bietet das Museum außerdem temporäre Ausstellungen, sowie Bereiche für Konferenzen und Veranstaltungen, die monatlich variieren.
Besondere Bewunderung erfährt das Porträt des Marqués de San Adrián von Francisco de Goya, eine maurische Schatulle aus Elfenbein, die im Kloster von Leire im 11. Jahrhundert als Reliquienschrein genutzt wurde. Nennenswert sind außerdem römische Kapitel für das Kloster der Kathedrale von Pamplona, sowie ein Mosaikboden der alten römischen Villa Ramalote (Tudela), die hier zu sehen sind.
Das Museo Diocesano liegt unmittelbar an der Kathedrale und birgt künstlerische Werke religiöser Art der gesamten Region Navarras. Bildhaukunst, Malerei und Goldschmiedkunst vereinen sich hier. Erwähnenswert ist eine Kollektion mittelalterliche Figuren der Jungfrau Maria, sowie Stücke aus der mittelalterlichen französischen Goldschmiedkunst.
An diesem Museum sind jedoch nicht allein die Ausstellungsstücke von Bedeutung, denn auch die Ausstellungssäle an sich verdienen Beachtung: Ein 30m langer und 10m breiter klösterlicher Speisesaal aus dem 14. Jahrhundert im gotischen Stil zeigt Glasmalereien des 19. Jahrhunderts.
Eine Küche mit dem Reliquienschrein, zeitgleich konstruiert, besitzt einen Rauchfang von 27m. Die Kapelle „Barbacana“ führt direkt ins gotische Kloster dessen Eingang zwei gotische Skulpturen von den Heiligen Johannes und Paulus schmücken. Zentrum bildet die Gruft des Bischofs Arnaldo de Barabzán (1318-1355).
Neben einer Sammlung mittelalterlicher Figuren aus Navarra, die zwischen dem 12. und 18. Jahrhundert entstanden, ist der “Retablo de las Navas” besonders herausragend, ein Altaraufsatz des 15. Jahrhunderts, der deutschen Ursprungs ist. Darüber hinaus kann der Besucher hier verschiedene Heiligenfiguren und weitere Altaraufsätze bewundern.
Neben Malereien aus dem 14. bis 19. Jahrhundert, stechen vor allem die Werke der Goldschmiede zwischen dem 13. und 16. Jahrhundert hervor: Der französische Relicario del Santo Sepulcro, ein Reliquienschrein im Gotikstil (13. Jh.), Relicario del Lignum Crucis (13. Jh.) Relicario de la Santa Espina (15. Jh.) oder El Evangelario, ein Kodex aus dem 13. Jahrhundert mit einer vergoldeten Silberverkleidung des 16. Jahrhunderts. Außerdem Tempelchen, Kelche, Hostienbehältnisse, Prozessionskreuze, Kupfergeschirr und Objekte aus Emaille.